缺點(diǎn)是對(duì)非極性樣品靈敏度下降，而且基質(zhì)在低質(zhì)量數(shù)區(qū)（400以下）產(chǎn)生較多干擾峰。fab是一種表面分析技術(shù)，需注意優(yōu)化表面狀況的樣品處理過程。樣品分子與堿金屬離子加合，如［m+na］和［m+k］，有助于形成離子。這種現(xiàn)象有助于生物分子的離子化。因此，使用氯化鈉溶液對(duì)樣品表面進(jìn)行處理有助于提高加合離子的產(chǎn)率。在分析過程中加熱樣品也有助于提高產(chǎn)率。
在fab離子化過程中，可同時(shí)生成正負(fù)離子，這兩種離子都可以用質(zhì)譜進(jìn)行分析。樣品分子如帶有強(qiáng)電子捕獲結(jié)構(gòu)，特別是帶有鹵原子，可以產(chǎn)生大量的負(fù)離子。負(fù)離子質(zhì)譜已成功用于農(nóng)藥殘留物的分析。
4. 場(chǎng)電離（field ionization，fi）和場(chǎng)解吸（field desorption，fd）
fi離子源由距離很近的陽極和陰極組成，兩極間加上高電壓后，陽極附近產(chǎn)生高達(dá)10+7～10+8v/cm的強(qiáng)電場(chǎng)。接近陽極的氣態(tài)樣品分子產(chǎn)生電離形成正分子離子，然后加速進(jìn)入質(zhì)量分析器。對(duì)于液體樣品（固體樣品先溶于溶劑）可用fd來實(shí)現(xiàn)離子化。將金屬絲浸入樣品液，待溶劑揮發(fā)后把金屬絲作為發(fā)射體送入離子源，通過弱電流提供樣品解吸附所需能量，樣品分子即向高場(chǎng)強(qiáng)的發(fā)射區(qū)擴(kuò)散并實(shí)現(xiàn)離子化。fd適用于難氣化，熱穩(wěn)定性差的化合物。fi和fd均易得到分子離子峰。
5. 大氣壓電離源（api）
api是液相色譜/質(zhì)譜聯(lián)用儀zui常用的離子化方式。常見的大氣壓電離源有三種：大氣壓電噴霧（apesi），大氣壓化學(xué)電離（apci）和大氣壓光電離（appi）。電噴霧離子化是從去除溶劑后的帶電液滴形成離子的過程，適用于容易在溶液中形成離子的樣品或極性化合物。因具有多電荷能力，所以其分析的分子量范圍很大，既可用于小分子分析，又可用于多肽、蛋白質(zhì)和寡聚核苷酸分析。apci是在大氣壓下利用電暈放電來使氣相樣品和流動(dòng)相電離的一種離子化技術(shù)，要求樣品有一定的揮發(fā)性，適用于非極性或低、中等極性的化合物。由于極少形成多電荷離子，分析的分子量范圍受到質(zhì)量分析器質(zhì)量范圍的限制。appi是用紫外燈取代apci的電暈放電，利用光化作用將氣相中的樣品電離的離子化技術(shù)，適用于非極性化合物。由于大氣壓電離源是獨(dú)立于高真空狀態(tài)的質(zhì)量分析器之外的，故不同大氣壓電離源之間的切換非常方便。
6. 基質(zhì)輔助激光解吸離子化（maldi）
將溶于適當(dāng)基質(zhì)中的樣品涂布于金屬靶上，用高強(qiáng)度的紫外或紅外脈沖激光照射可實(shí)現(xiàn)樣品的離子化。此方式主要用于可達(dá)100000da質(zhì)量的大分子分析，于作為飛行時(shí)間分析器的離子源使用。
7. 電感耦合等離子體離子化（icp）
等離子體是由自由電子、離子和中性原子或分子組成，總體上成電中性的氣體，其內(nèi)部溫度高達(dá)幾千至一萬度。樣品由載氣攜帶從等離子體焰炬*穿過，迅速被蒸發(fā)電離并通過離子引出接口導(dǎo)入到質(zhì)量分析器。樣品在*溫度下*蒸發(fā)和解離，電離的百分比高，因此幾乎對(duì)所有元素均有較高的檢測(cè)靈敏度。由于該條件下化合物分子結(jié)構(gòu)已經(jīng)被破壞，所以icp僅適用于元素分析。
三、 質(zhì)量分析器
質(zhì)量分析器將帶電離子根據(jù)其質(zhì)荷比加以分離，用于紀(jì)錄各種離子的質(zhì)量數(shù)和豐度。質(zhì)量分析器的兩個(gè)主要技術(shù)參數(shù)是所能測(cè)定的質(zhì)荷比的范圍（質(zhì)量范圍）和分辨率。
1. 扇形磁分析器
離子源中生成的離子通過扇形磁場(chǎng)和狹縫聚焦形成離子束。離子離開離子源后，進(jìn)入垂直于其前進(jìn)方向的磁場(chǎng)。不同質(zhì)荷比的離子在磁場(chǎng)的作用下，前進(jìn)方向產(chǎn)生不同的偏轉(zhuǎn)，從而使離子束發(fā)散。由于不同質(zhì)荷比的離子在扇形磁場(chǎng)中有其*的運(yùn)動(dòng)曲率半徑，通過改變磁場(chǎng)強(qiáng)度，檢測(cè)依次通過狹縫出口的離子，從而實(shí)現(xiàn)離子的空間分離，形成質(zhì)譜。
2. 四極桿分析器
因其由四根平行的棒狀電極組成而得名。離子束在與棒狀電極平行的軸上聚焦，一個(gè)直流固定電壓（dc）和一個(gè)射頻電壓（rf）作用在棒狀電極上，兩對(duì)電極之間的電位相反。對(duì)于給定的直流和射頻電壓，特定質(zhì)荷比的離子在軸向穩(wěn)定運(yùn)動(dòng)，其他質(zhì)荷比的離子則與電極碰撞湮滅。將dc和rf以固定的斜率變化，可以實(shí)現(xiàn)質(zhì)譜掃描功能。四極桿分析器對(duì)選擇離子分析具有較高的靈敏度。
3. 離子阱分析器
由兩個(gè)端蓋電極和位于它們之間的類似四極桿的環(huán)電極構(gòu)成。端蓋電極施加直流電壓或接地，環(huán)電極施加射頻電壓（rf），通過施加適當(dāng)電壓就可以形成一個(gè)勢(shì)能阱（離子阱）。根據(jù)rf電壓的大小，離子阱就可捕獲某一質(zhì)量范圍的離子。離子阱可以儲(chǔ)存離子，待離子累積到一定數(shù)量后，升高環(huán)電極上的rf電壓，離子按質(zhì)量從高到低的次序依次離開離子阱，被電子倍增監(jiān)測(cè)器檢測(cè)。目前離子阱分析器已發(fā)展到可以分析質(zhì)荷比高達(dá)數(shù)千的離子。離子阱在全掃描模式下仍然具有較高靈敏度，而且單個(gè)離子阱通過時(shí)間序列的設(shè)定就可以實(shí)現(xiàn)多級(jí)質(zhì)譜（）的功能。
4. 飛行時(shí)間分析器
具有相同動(dòng)能，不同質(zhì)量的離子，因其飛行速度不同而分離。如果固定離子飛行距離，則不同質(zhì)量離子的飛行時(shí)間不同，質(zhì)量小的離子飛行時(shí)間短而首先到達(dá)檢測(cè)器。各種離子的飛行時(shí)間與質(zhì)荷比的平方根成正比。離子以離散包的形式引入質(zhì)譜儀，這樣可以統(tǒng)一飛行的起點(diǎn)，依次測(cè)量飛行時(shí)間。離子包通過一個(gè)脈沖或者一個(gè)柵系統(tǒng)連續(xù)產(chǎn)生，但只在一特定的時(shí)間引入飛行管。新發(fā)展的飛行時(shí)間分析器具有大的質(zhì)量分析范圍和較高的質(zhì)量分辨率，尤其適合蛋白等生物大分子分析。
5. 傅里葉變換分析器
在一定強(qiáng)度的磁場(chǎng)中，離子做圓周運(yùn)動(dòng)，離子運(yùn)行軌道受共振變換電場(chǎng)限制。當(dāng)變換電場(chǎng)頻率和回旋頻率相同時(shí)，離子穩(wěn)定加速，運(yùn)動(dòng)軌道半徑越來越大，動(dòng)能也越來越大。當(dāng)電場(chǎng)消失時(shí)，沿軌道飛行的離子在電極上產(chǎn)生交變電流。對(duì)信號(hào)頻率進(jìn)行分析可得出離子質(zhì)量。將時(shí)間與相應(yīng)的頻率譜利用計(jì)算機(jī)經(jīng)過傅里葉變換形成質(zhì)譜。其優(yōu)點(diǎn)為分辨率很高，質(zhì)荷比可以到千分之一道爾頓。
四、 串聯(lián)質(zhì)譜及聯(lián)用技術(shù)
1. 串聯(lián)質(zhì)譜
兩個(gè)或更多的質(zhì)譜連接在一起，稱為串聯(lián)質(zhì)譜。zui簡單的串聯(lián)質(zhì)譜（ms/ms）由兩個(gè)質(zhì)譜串聯(lián)而成，其中*個(gè)質(zhì)量分析器（ms1）將離子預(yù)分離或加能量修飾，由第二級(jí)質(zhì)量分析器（ms2）分析結(jié)果。zui常見的串聯(lián)質(zhì)譜為三級(jí)四極桿串聯(lián)質(zhì)譜。*級(jí)和第三級(jí)四極桿分析器分別為ms1和ms2，第二級(jí)四極桿分析器所起作用是將從ms1得到的各個(gè)峰進(jìn)行轟擊，實(shí)現(xiàn)母離子碎裂后進(jìn)入ms2再行分析?，F(xiàn)在出現(xiàn)了多種質(zhì)量分析器組成的串聯(lián)質(zhì)譜，如四極桿-飛行時(shí)間串聯(lián)質(zhì)譜（q-tof）和飛行時(shí)間－飛行時(shí)間（tof-tof）串聯(lián)質(zhì)譜等，大大擴(kuò)展了應(yīng)用范圍。離子阱和傅里葉變換分析器可在不同時(shí)間順序?qū)崿F(xiàn)時(shí)間序列多級(jí)質(zhì)譜掃描功能。
ms/mszui基本的功能包括能說明ms1中的母離子和ms2中的子離子間的。根據(jù)ms1和ms2的掃描模式，如子離子掃描、母離子掃描和中性碎片丟失掃描，可以查明不同質(zhì)量數(shù)離子間的關(guān)系。母離子的碎裂可以通過以下方式實(shí)現(xiàn)：碰撞誘導(dǎo)解離，表面誘導(dǎo)解離和激光誘導(dǎo)解離。不用激發(fā)即可解離則稱為亞穩(wěn)態(tài)分解。
ms/ms在混合物分析中有很多優(yōu)勢(shì)。在質(zhì)譜與氣相色譜或液相色譜聯(lián)用時(shí)，即使色譜未能將物質(zhì)*分離，也可以進(jìn)行鑒定。ms/ms可從樣品中選擇母離子進(jìn)行分析，而不受其他物質(zhì)干擾。
ms/ms在藥物領(lǐng)域有很多應(yīng)用。子離子掃描可獲得藥物主要成分，雜質(zhì)和其他物質(zhì)的母離子的定性信息，有助于未知物的鑒別，也可用于肽和蛋白質(zhì)氨基酸序列的鑒別。
在藥物代謝動(dòng)力學(xué)研究中，對(duì)生物復(fù)雜基質(zhì)中低濃度樣品進(jìn)行定量分析，可用多反應(yīng)監(jiān)測(cè)模式（multiple reaction monitoring，mrm）消除干擾。如分析藥物中某特定離子，而來自基質(zhì)中其他化合物的信號(hào)可能會(huì)掩蓋檢測(cè)信號(hào)，用ms1/ms2對(duì)特定離子的碎片進(jìn)行選擇監(jiān)測(cè)可以消除干擾。mrm也可同時(shí)定量分析多個(gè)化合物。在藥物代謝研究中，為發(fā)現(xiàn)與代謝前物質(zhì)具有相同結(jié)構(gòu)特征的分子，使用中性碎片丟失掃描能找到所有丟失同種功能團(tuán)的離子，如羧酸丟失中性二氧化碳。如果丟失的碎片是離子形式，則母離子掃描能找到所有丟失這種碎片的離子。
2. 聯(lián)用技術(shù)
色譜可作為質(zhì)譜的樣品導(dǎo)入裝置，并對(duì)樣品進(jìn)行初步分離純化，因此色譜/質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)可對(duì)復(fù)雜體系進(jìn)行分離分析。因?yàn)樯V可得到化合物的保留時(shí)間，質(zhì)譜可給出化合物的分子量和結(jié)構(gòu)信息，故對(duì)復(fù)雜體系或混合物中化合物的鑒別和測(cè)定非常有效。在這些聯(lián)用技術(shù)中，芯片/質(zhì)譜聯(lián)用（chip/ms）顯示了良好前景，但目前尚不成熟，而氣相色譜／質(zhì)譜聯(lián)用和液相色譜／質(zhì)譜聯(lián)用等已經(jīng)廣泛用于藥物分析。
（1） 氣相色譜/質(zhì)譜聯(lián)用（gc/ms）
氣相色譜的流出物已經(jīng)是氣相狀態(tài)，可直接導(dǎo)入質(zhì)譜。由于氣相色譜與質(zhì)譜的工作壓力相差幾個(gè)數(shù)量級(jí)，開始聯(lián)用時(shí)在它們之間使用了各種氣體分離器以解決工作壓力的差異。

隨著毛細(xì)管氣相色譜的應(yīng)用和高速真空泵的使用，現(xiàn)在氣相色譜流出物已可直接導(dǎo)入質(zhì)譜。
（2） 液相色譜／質(zhì)譜聯(lián)用（hplc/ms）
液相色譜/質(zhì)譜聯(lián)用的接口前已論及，主要用于分析gc/ms不能分析，或熱穩(wěn)定性差，強(qiáng)極性和高分子量的物質(zhì)，如生物樣品（藥物與其代謝產(chǎn)物）和生物大分子（肽、蛋白、核酸和多糖）。
（3） 毛細(xì)管電泳/質(zhì)譜聯(lián)用（ce/ms）和芯片/質(zhì)譜聯(lián)用（chip/ms）
毛細(xì)管電泳（ce）適用于分離分析極微量樣品（nl體積）和特定用途（如手性對(duì)映體分離等）。ce流出物可直接導(dǎo)入質(zhì)譜，或加入輔助流動(dòng)相以達(dá)到和質(zhì)譜儀相匹配。微流控芯片技術(shù)是近年來發(fā)展迅速，可實(shí)現(xiàn)分離、過濾、衍生等多種實(shí)驗(yàn)室技術(shù)于一塊芯片上的微型化技術(shù)，具有高通量、微型化等優(yōu)點(diǎn)，目前也已實(shí)現(xiàn)芯片和質(zhì)譜聯(lián)用，但尚未商品化。
（4） 超臨界流體色譜/質(zhì)譜聯(lián)用（sfc/ms）
常用超臨界流體二氧化碳作流動(dòng)相的sfc適用于小極性和中等極性物質(zhì)的分離分析，通過色譜柱和離子源之間的分離器可實(shí)現(xiàn)sfc和ms聯(lián)用。
（5） 等離子體發(fā)射光譜/質(zhì)譜聯(lián)用（icp/ms）
由icp作為離子源和ms實(shí)現(xiàn)聯(lián)用，主要用于元素分析和元素形態(tài)分析。
五、 數(shù)據(jù)處理和應(yīng)用
檢測(cè)器通常為光電倍增器或電子倍增器，所采集的信號(hào)經(jīng)放大并轉(zhuǎn)化為數(shù)字信號(hào)，計(jì)算機(jī)進(jìn)行處理后得到質(zhì)譜圖。質(zhì)譜離子的多少用豐度表示（abundance）表示，即具有某質(zhì)荷比離子的數(shù)量。由于某個(gè)具體離子的“數(shù)量”無法測(cè)定，故一般用相對(duì)豐度表示其強(qiáng)度，即zui強(qiáng)的峰叫基峰（base peak），其他離子的豐度用相對(duì)于基峰的百分?jǐn)?shù)表示。在質(zhì)譜儀測(cè)定的質(zhì)量范圍內(nèi)，由離子的質(zhì)荷比和其相對(duì)豐度構(gòu)成質(zhì)譜圖。在lc/ms和gc/ms中，常用各分析物質(zhì)的色譜保留時(shí)間和由質(zhì)譜得到其離子的相對(duì)強(qiáng)度組成色譜總離子流圖。也可確定某固定的質(zhì)荷比，對(duì)整個(gè)色譜流出物進(jìn)行選擇離子檢測(cè)（se-lected ion monitoring， sim），得到選擇離子流圖。質(zhì)譜儀分離離子的能力稱為分辨率，通常定義為高度相同的相鄰兩峰，當(dāng)兩峰的峰谷高度為峰高的10%時(shí)，兩峰質(zhì)量的平均值與它們的質(zhì)量差的比值。對(duì)于低、中、高分辨率的質(zhì)譜，分別是指其分辨率在100～2000、2000～10000和10000以上。
質(zhì)譜在藥物領(lǐng)域的主要應(yīng)用為藥物的定性鑒別、定量分析和結(jié)構(gòu)解析。
如果一個(gè)中性分子丟失或得到一個(gè)電子，則分子離子的質(zhì)荷比與該分子質(zhì)量數(shù)相同。使用高分辨率質(zhì)譜可得到離子的質(zhì)量數(shù)，然后計(jì)算出該化合物的分子式，或者用參照物作峰匹配可以確證分子量和分子式。分子離子的各種化學(xué)鍵發(fā)生斷裂后形成碎片離子，由此可推斷其裂解方式，得到相應(yīng)的結(jié)構(gòu)信息。
質(zhì)譜用于定量分析，其選擇性、精度和準(zhǔn)確度較高。化合物通過直接進(jìn)樣或利用氣相色譜和液相色譜分離純化后再導(dǎo)入質(zhì)譜。質(zhì)譜定量分析用外標(biāo)法或內(nèi)標(biāo)法，后者精度高于前者。定量分析中的內(nèi)標(biāo)可選用類似結(jié)構(gòu)物質(zhì)或同位素物質(zhì)。前者成本低，但精度和準(zhǔn)確度以使用同位素物質(zhì)為高。使用同位素物質(zhì)為內(nèi)標(biāo)時(shí)，要求在進(jìn)樣、分離和離子化過程中不會(huì)丟失同位素物質(zhì)。在使用fab質(zhì)譜和lc/ms（熱噴霧和電噴霧）進(jìn)行定量分析時(shí)，一般都需要用穩(wěn)定的同位素內(nèi)標(biāo)。分析物和內(nèi)標(biāo)離子的相對(duì)豐度采用選擇離子監(jiān)測(cè)（只監(jiān)測(cè)分析物和內(nèi)標(biāo)的特定離子）的方式測(cè)定。選擇離子監(jiān)測(cè)相對(duì)全范圍掃描而言，由于離子流積分時(shí)間長而增加了選擇性和靈敏度。利用分析物和內(nèi)標(biāo)的色譜峰面積或峰高比得出校正曲線，然后計(jì)算樣品中分析物的色譜峰面積或它的量。
解析未知樣的質(zhì)譜圖，大致按以下程序進(jìn)行。
（一）解析分子離子區(qū)
    (1) 標(biāo)出各峰的質(zhì)荷比數(shù)，尤其注意高質(zhì)荷比區(qū)的峰。
    (2) 識(shí)別分子離子峰。首先在高質(zhì)荷比區(qū)假定分子離子峰，判斷該假定分子離子峰與相鄰碎片離子峰關(guān)系是否合理，然后判斷其是否符合氮律。若二者均相符，可認(rèn)為是分子離子峰。
    (3) 分析同位素峰簇的相對(duì)強(qiáng)度比及峰與峰間的dm值，判斷化合物是否含有c1、br、s、si等元素及f、p、i等無同位素的元素。
    (4) 推導(dǎo)分子式，計(jì)算不飽和度。由高分辨質(zhì)譜儀測(cè)得的分子量或由同位素峰簇的相對(duì)強(qiáng)度計(jì)算分子式。若二者均難以實(shí)現(xiàn)時(shí)，則由分子離子峰丟失的碎片及主要碎片離子推導(dǎo)，或與其它方法配合。
    (5) 由分子離子峰的相對(duì)強(qiáng)度了解分子結(jié)構(gòu)的信息。分子離子峰的相對(duì)強(qiáng)度由分子的結(jié)構(gòu)所決定，結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性大，相對(duì)強(qiáng)度就大。對(duì)于分子量約200的化合物，若分子離子峰為基峰或強(qiáng)蜂，譜圖中碎片離子較少、表明該化合物是高穩(wěn)定性分子，可能為芳烴或稠環(huán)化合物。
    例如：萘分子離子峰m／z 128為基峰，蒽醌分子離子峰m／z 208也是基峰。
分子離子峰弱或不出現(xiàn)，化合物可能為多支鏈烴類、醇類、酸類等。
（二）、解析碎片離子
    (1) 由特征離子峰及丟失的中性碎片了解可能的結(jié)構(gòu)信息。
    若質(zhì)譜圖中出現(xiàn)系列cnh2n+1峰，則化合物可能含長鏈烷基。若出現(xiàn)或部分出現(xiàn)m／z 77，66，65，51，40，39等弱的碎片離子蜂，表明化合物含有苯基。若m／z 91或105為基峰或強(qiáng)峰，表明化合物含有芐基或苯甲?；?。若質(zhì)譜圖中基峰或強(qiáng)峰出現(xiàn)在質(zhì)荷比的中部，而其它碎片離子峰少，則化合物可能由兩部分結(jié)構(gòu)較穩(wěn)定，其間由容易斷裂的弱鍵相連。
    (2) 綜合分析以上得到的全部信息，結(jié)合分子式及不飽和度，提出化合物的可能結(jié)構(gòu)。
    (3) 分析所推導(dǎo)的可能結(jié)構(gòu)的裂解機(jī)理，看其是否與質(zhì)譜圖相符，確定其結(jié)構(gòu)，并進(jìn)一步解釋質(zhì)譜，或與標(biāo)準(zhǔn)譜圖比較，或與其它譜(1h nmr、13c nmr、ir)配合，確證結(jié)構(gòu)。